Ich will hier keine Spaßbremse sein, aber das mit der Legalität würde ich nochmal genaustens überprüfen, vor allem wenn ihr auch nur einen Cent da raus holen wollt.
Soweit ich weiß ist das Rippen von Grafiken ebenfalls gegen das Urheberrecht. Wenn ihr also dem Spieler sagt "Downloaded euch eine ROM, extrahiert mittels diesem Programm hier die Grafiken und Name-Files und fügt sie in Ordner X ein" ist dies Anstiftung zu einer Straftat. Außerdem benutzt ihr dann ja trotzdem im Spiel die Namen und Pokemon aus dem Originalspiel, da isses ja unabhängig davon wo sie herkommen. Ein MMORPG mit Geldeinnahme basierend auf das Hacken einer ROM eines so großen Unternehmens ist ne ziemlich schlechte Idee.

Ihr habt somit quasi nur die Möglichkeit sämtliche Sprites und Namen selbst zu gestalten und einen Pokemon-Klon herzustellen (Möglichst mit anderen bezeichnungen für Arenaleiter, trainer etc). So habt ihr zumindest das Spielprinzip noch, welches (meines wissens, da solltet ihr auch nachforschen) nicht unter das Urhebergesetz fällt.
Ne andere Möglichkeit ist auch das Spiel nicht kommerziell zu machen und Nintendo danach zu fragen ihre Grafiken in einem nicht-komerziellen Fan-Spiel zu verwenden. Dann müsst ihr euch aber um Server-Kosten gedanken machen. Oder ihr werfts auf hamachi, was den ganzen Sinn eines Online-Games aber vernichtet, da man das Spiel dann höchstens mit 4 anderen Leuten spielt erfahrungsgemäß.

Also, vorallem wenn ihr irgendwie geld damit machen wollt (und das müsst ihr um nen server laufen zu lassen) würde ich euch raten da nen Anwalt oder sowas aufzusuchen, der euch die rechtslage da ein wenig genauer erklären kann und euch eure Möglichkeiten und Grenzen nennt. Wenn ihr dem Nutzer das Rippen aufs Auge drückt zieht ihr euch meines Wissens nach nicht aus der Affaire.