Empfehlenswert wäre, einfach die Icongroup direkt zu ersetzen, was ja bei "Replace Icon" eh der Fall ist. Um die einzelnen Bilder muss du dich nicht kümmern, die sind im Normalfall in der .ico Datei mit abgelegt(zumindest sollten sie das).
Falls du speziell angepasste Einzelbilder brauchst, geht das dann halt auch mit nem Tool wie IcoFX.

Was RPG_RT ohne Icons angeht, wenn du unter "Add a new Ressource" eine Icon Datei einfügst, klappt das auch problemlos. Name der Ressource scheint egal zu sein.