Zum ersten Punkt:
Lichteffekte schaffen meiner Meinung nach insofern Atmosphäre, dass zum einen der Raum selbst interessanter wird und zum anderen eine bessere Illusion für Raumtiefe, Beleuchtung (ach wirklich?) und Materialbeschaffenheit entsteht. Zum Beispiel das Feuer in den drei Screens: Ich persönlich finde, dass im zweiten Screen die Flammen am meisten nach Feuer aussehen. Das Feuer verfließt mit den Hintergrund (wirkt also nicht so fest wie beispielsweise der Schrank), aber nicht so stark wie im ersten Screen. Es wirkt heller als im dritten Screen (wichtig für die Illusion einer primären Lichtquelle!).
Allgemein finde ich, dass von den drei hier gezeigten Methoden der zweite Screen das beste Ergebnis unter Berücksichtigung des Zeitaufwands hat: Der dritte Screen ist stark stilisiert, was, wenn man es konsequent durchführt auch gut aussieht im Spiel. Nur man müsste dann jedes Objekt mindestens zweimal (beleuchtet/unbeleuchtet), wahrscheinlich aber sogar noch öfter pixeln, je nach Lichtquelle. Und dafür würde sich für mich als Entwickler das Ergebnis nicht lohnen.

Außerdem ist gerade die Overlayvariante für mich optisch ansprechender. Bei den verlinkten Beispielscreen fällt mir unangenehm auf, dass die Figuren taghell "erleuchtet" sind, weil es keine entsprechende Nachtgrafiken für diese gibt. Bei einen Overlay hat man dieses Problem nicht.

Zum zweiten Punkt:
Ich denke gerade die neueren Maker können auch alternative Wege einschlagen für Licht und Schatteneffekte, dank den RGSS-Skripten. Bei den Alten Ist es vermutlich schwieriger (aber nicht unmöglich!). Die Frage ist jedoch eher: Ist das nötig? Meiner Meinung nach nur, wenn man Wert darauf legt, dass das eigene Spiel möglichst klein bleibt. Die ganzen Bilddateien nehmen schließlich schon einen beachtlichen Teil der Ordnergröße ein.

Zum dritten Punkt:
Sinnvoll für die Raumtiefe sind sie schon, ob sie aber nötig sind, muss jeder selbst entscheiden.