Ich vermute mal, dein Projektordner liegt innerhalb von c:\program files, und du startest den Maker als Admin und das Spiel nicht oder umgekehrt (dasselbe gilt für Kompatibilitätsmodus).

Geh im Explorer in deinen Projektordner und dann schau ob da in der oberen Leiste ein Knopf "Kompatibilitätsdateien" ist. Wenn ja, dann ist ein Teil deines Projektes wohl innerhalb dieses "Virtual Store" den du siehst wenn du auf diesen Knopf drückst.

Die Lösung ist, den Projektordner in ein Verzeichnis innerhalb deines persönlichen Ordners, z.B. unter "Dokumente", zu verschieben. Dabei musst du aber aufpassen weil ja dein Projekt offenbar halb im echten Ordner und halb im "Virtual Store" ist. Daher probiere folgendes:

A1) Inhalt des normalen Projektordners in einen neuen Ordner innerhalb von "Dokumente" kopieren
A2) Inhalt des "Kompatibilitätsdateien"-Ordners in denselben Ordner kopieren (vorhandene Dateien überschreiben)
A3) Genau testen

Wenn dein Spiel jetzt im neuen Ordner nicht ordentlich funktioniert oder nicht auf dem neuesten Stand zu sein scheint, dann...

B1) Inhalt des normalen "Kompatibilitätsdateien"-Ordners in einen neuen Ordner innerhalb von "Dokumente" kopieren
B2) Inhalt des normalen Projektordners in einen neuen Ordner innerhalb von "Dokumente" kopieren (vorhandene Dateien überschreiben)
B3) Genau testen

Das sollte das Problem lösen.
Für die Zukunft gibt es zwei Möglichkeiten das Problem zu unterbinden:
1) RPG Maker immer als Administrator starten, Spiel auch. (weniger gut)
2) Projekt in ein Verzeichnis innerhalb des persönlichen Ordners verschieben (besser)

mfG Cherry