Was Cherry und Co. so machen ist ne riesen Geschichte mit Assembler, Hexeditor und diversen Programmiersprachen.

Eine simplere Variante beliegen Code vom Maker Spiel ausführen zu lassen ist dass erstellen einer eigenen Harmony.dll. Man fängt die DLL Funktionsaufrufe ab und leitet sie an die echte Harmony.dll weiter. Man kann dadurch aber auch eigenen Code einschleusen. Beispielweise den Aufruf von "sound.tollerpatch.wav" Abfangen und dann deinen tollen Patch ausführen. Zumindest ist das der Weg wie der Keypatch und manche andere vorgehen.
Variablen können dem Spiel mit "Get Midi Tick" übergeben werden.

Natürlich sind dadurch keine Änderungen möglich die die Spielengine beeinflussen. Aber es ist ein Weg mit dem man allein mit dem erlernen einer Programmiersprache eine Patch schreiben kann. Ganz ohne Assembler.