Ocarina of Time/Majoras Mask, Oracle of Season/Age sind denke ich der selbe Link.
A Link to the Past und Links Awakening der anderer Link.
Dann noch der Link von Zelda 1/2, der aus TW und Wind Waker.
Also für mich war die Timeline immer so:

Ocarina of Time -> Majoras Mask -> Twillight Princess -> OoS/OoA -> Legend of Zelda -> Adventure of Link -> A Link to the Past ->
Links Awakening -> Wind Waker

Nachdem Link in OoT Ganondorf besiegt hat geht auf auf reisen und erlebt dann sein Abenteuer in MM. Einige Jahre vergehen, Zelda ist mittlerweile erwachsen und es passieren die Ereignisse von Twillight Princess wo Ganon getötet wird.
Einige Zeit später kommt der Link aus OoT/MM zurück wo er dann nach Labrynna/Holodrum geschickt wird und Ganon wiederbelebt werden soll was aber scheitert.
Es vergehen wieder einige Jahre und Ganon ist wie auch immer zurück, Impa ist mittlerweile sehr alt geworden und erzählt einen anderen Helden was passiert ist dann spielt LoZ gefolgt von AoL.
Nach Adventure of Link vergehen Jahrzente und es kommt der Zeitpunkt von ALttP wo Ganon eine Möglichkeit findet zurückzukehren. Nachdem Link Ganon besiegt hat begibt er sich auf Reisen und kommt dann schliesslich nach Cocolint, wo LA spielt. Am Ende sieht man Link im Meer treiben, vielleicht hat er eine der Inseln von WW erreicht wo er von seinen Abenteuern berichtet hat und deshalb als Held verehrt wird. Jedenfalls viele Jahrezehnte später spielt dann Wind Waker.

Das ist jedenfalls meine Ansicht =)