Was? Über dem was du in onFrame gezeichnet hast? Das dürfte eigentlich nicht sein. Ich muss da mal nachforschen.
Eigentlich sollten wirklich nur Screentransitions (und Movies, iirc - und eventuell "Frames" von System2 aber ich weiß grade nicht ob das stimmt) den Bildschirm nach onFrame manipulieren können. Alle Kampfgrafiken sollten von der draw-Methode von TLcfgBattleScene gezeichnet werden, und onFrame wird immer nach der draw-Methode der aktuellen Scene aufgerufen...
"Über allem" kann man mit onDrawScreen zeichnen, aber das wird aufgerufen wenn aus Windows-Sicht der Fensterinhalt neu gezeichnet wird und das kann manchmal mehrmals beim selben Frame passieren, also sollte man beachten dass eventuell Sachen die man im vorigen onDrawScreen gezeichnet hat noch immer da sind.
Für die Messagebox? Eher nicht, denn onDrawSystemBackground bezieht sich nicht auf den Fensterhintergrund sondern auf den Menühintergrund (der normalerweise einfärbig ist). Das Callback ist dazu da, eigene Hintergründe zu zeichnen. Fenster erscheinen über dem Hintergrund, und auf der Map wird das sowieso nicht verwendet weil ja die Map da ist und kein Systemhintergrund.