Ich habe alle Partitionen durchsucht und nichts gefunden. Vielleicht speichert Windows den Kram unter irgendeinem kryptischen Namen und merkt sich intern, wo die Dateien liegen. Trotzdem danke.

Habe das Problem aber gerade gelöst. Wenn man seine vagabundierenden Dateien retten will, muss man folgendes machen:
  • RPG-Maker starten, Projekt öffnen (aus dem Projektordner unter Program Files)
    Der Maker lädt das Projekt von dem geheimnisvollen, unbekannten Ort.
  • Im Menü Project > Make game disk... wählen
  • Irgendwo abspeichern, die exe-Datei installieren
    In dem installierten Ordner sind alle Dateien drin. Man kann ihn dann an einen nicht zugriffsgeschützten Ort verschieben und dort mit dem Maker öffnen.