Mein Englischwörterbuch behauptet, Story und Plot wären zumindest von der Übersetzung her das selbe, beides lässt sich "Handlung" nennen, ich persönlich fänd's also schwer, diese Begriffe zu trennen, vermutlich würde ich sie sogar synonym gebrauchen, einfach aus (eventuellem) Unwissen heraus.
Wollte nur am Rande angemerkt sein.

Somit würde ich wohl alles als Story bezeichnen, das mit der Handlung zu tun hat, wodurch die Dialoge eben mit eingeschlossen werden. So ganz am Rande denk' ich auch, schlechte Dialoge lassen sich schnell entlarven, sei es wegen dem Schreibstil oder aber lebloser, aufgesetzter Wortwahl. Solche überflieg' ich nur, um ein paar Informationen aufzunehmen - sofern das Spiel nicht gleich im Papierkorb landet -, während gute Dialoge eifrig gelesen werden.
Sympathie zu den Charakteren ergibt sich aus der Geschichte, da durch diese deren Persönlichkeiten, manchmal auch die Hintergründe durchkommen, ist meiner Meinung nach aber nicht wirklich "Story"; und Atmosphäre, wie schon gesagt wurde, entsteht durch Graphiken und Musik. Ich fänd's nämlich schwer, allein durch die Worte eines Dialoges Atmosphäre zu erzeugen und einen Erzählertext mit Beschreibungen, der ständig den Spielfluss unterbricht möchte man einem Spieler nun auch nicht gerade zumuten, oder?

So, das war mein Senf.