Meine Definitionen:

Story: Das Große hintendran. Der Grundrahmen. Wendungen, Verflechtungen, Motive. "Der Buchklappentext"
Plot: Das Feine darunter, das Austauschbare. Welche Dungeons besucht werden unter anderem. Die weniger wichtigen Dinge. Das Praktische, der genauere Handlungsverlauf. "Das Drehbuch"

Davon sind nochmal die Dialoge zu trennen.

Atmosphäre dagegen basiert imho wesentlich mehr auf Grafik und Musik als auf irgendwelchen Storyelementen.

Für ein Spiel ist der Plot nach der Definition wesentlich wichtiger als die Story - außer man konzentriert sich primär auf diese. Dann muss sie aber auch wirklich gut sein.