Du könntest es auch so regeln, dass der Boss am Ende durch einen Trick noch Kontrolle über den Helden gewinnt.

Ein Beispiel: (Achtung Spoiler zu Fable The Lost Chapters!)[spoiler]
Nachdem man in Fable The Lost Chapters den finalen Kampf geschafft hat, hält man die Maske von Jack of Blades in den Händen.
Diese "spricht" in Gedanken zu einem und fordert einen auf, die Maske aufzusetzen. Wenn man dies tut, erhält man Macht, die einem selbst die Götter neiden. Das verspricht Jack dem Helden jedenfalls.
Man hat die Möglichkeit die Maske in die Lava zu werfen und somit ein gutes Ende zu haben. Wenn man das nicht macht, setzt der Charakter schließlich die Maske auf, wodurch der Held und Jack miteinander verschmelzen und Jack somit weiterhin bestehen bleibt.[/spoiler}

Ähnlich könntest du das in deinem Spiel machen.
Du könntest sogar dem Spieler hier ebenfalls eine Wahl lassen, allerdings wird es dann kompliziert die Fortsetzung sinnig zu machen.
Da müsstest du deine Kreativität walten lassen.

Nach The Elder Scrolls II: Daggerfall hatten die Entwickler auch Probleme, einen sinnigen dritten Teil zu machen, da Daggerfall 6 verschiedene Enden hat.
Letztendlich haben sie es so gelöst, dass das Ende von Teil 2 als "große Verwerfung" gilt. Berichte im Spiel erzählen, dass auf einmal ein kompletter Tag gefehlt hat und danach alles anders war. Die Kleinstaaten hatten zu einer Einigung gefunden usw..
Alle 6 Enden sind gleichzeitig geschehen und der Rest der Welt hat dies eben durch diese Verwerfung mitbekommen. (Ich habe das Spiel selbst leider nie gespielt, kenne mich also nicht so super aus. Es könnte also ein wenig verwirrend sein^^')