Nein, da ist so ziemlich das selbe Problem vorhanden. Bei der Scriptdemo läuft das so ab:
Ich klicke auf den Bildschirm.
Ein Textfenster geht auf um zu zeigen wohin ich geklickt habe.
Ich klicke nochmal auf den Bildschirm, BEVOR ich das Fenster mit "Enter" schließe.
Ich schließe das Fenster.
Sofort geht ein neues Fenster auf um mir die Koordinaten des zweiten Klicks anzuzeigen.

Aber egal, ich hab das Problem inzwischen mit ner Vereinfachung der ganzen Prozedur beheben können:
Bisher hatte ich die ganzen Scriptbefehle (Mouse.initSystem und Mouse.update) in das Menü mit eingebunden. Jetzt habe ich ein Common Event nur für die Mausunterstützung angelegt, das Parallel läuft wenn ich den Switch 0002 aktiviere:
PHP-Code:
@>Script: Mouse.initSystem((Mouse::INIT_CURSOR | Mouse::INIT_SAVE), 'cursorweiß', 1, 2)
@>Loop
  @>Wait: 1 frame(s)
  @>Script: Mouse.update()
  @>Conditional Branch: Script: Mouse.pressed?(Mouse::MOUSE_LEFT)
    @>Control Switches: [0003: Maus Links] = ON
    @>Wait: 1 frame(s)
    @>Control Switches: [0003: Maus Links] = OFF
    @>
  : Branch End
  @>Conditional Branch: Script: Mouse.pressed?(Mouse::MOUSE_RIGHT)
    @>Control Switches: [0004: Maus Rechts] = ON
    @>Wait: 1 frame(s)
    @>Control Switches: [0004: Maus Rechts] = OFF
    @>
  : Branch End
  @>Conditional Branch: Switch [0002: Maus an] == OFF
    @>Break Loop
    @>
  : Branch End
  @>
: Repeat Above
@> 
So läuft die Mausunterstützung stets parallel nebenher und in den Menü-Events muss ich nur noch per Switches 3 und 4 überprüfen ob geklickt wurde. Dadurch dass der jeweilige Switch auch nach einem Frame bereits wieder ausgeschaltet wird hab ich auch ein anderes Problem behoben dass ich heute morgen entdeckt hab: Ich hab für die fünf Buttons in meinem Menü ja einen "möglichen Klickbereich" festgelegt. Wenn der Cursor nun außerhalb des Bereichs liegt und ich klicke, dann wurde dieser Klick ausgeführt sobald ich den Cursor auf den Button bewegt hab, aber wie gesagt: Jetzt ist das behoben xD