RPG Maker 2003 läuft bei mir einwandfrei und sogar auf Vista 64 Bit. Du musst nicht einmal den Kompatibilitätsmodus aktivieren, um den Maker zu starten. Und RTP und Maker werden problemlos installiert.
XP und 2000/2003 haben wie Ascare schon geschrieben hat, beide ihre Vor- und Nachteile. Nimm einfach den, mit dem du effektiver und mit mehr Spaß arbeiten kannst.