Wie wäre es mit XSS, SQL-Injections und Lücken in Uploads, über die dann zum Beispiel Code hochgeladen und ausgeführt werden kann. Wobei das auch noch auf unkontrolliertes Einbinden von externem Code passt. Insgesamt natürlich vor allem die Dummheit und Nachlässigkeit der Programmierer und/oder der User.