Ohne einen zusätzliuchen Patch ignoriert der RPG Maker die Unterordner, wie Knumonmaster schon sagte. Du musst wohl oder übel alle Pictures in einem Ordner behalten. Wenn du aber die Ordnung beibehalten willst, dann beschreibe deine Bilder zum Beispiel so:
Für Waffen: Waffe_Name
Für Items: Item_Name
Für Zauber: Zauber_Name
Der Maker ordnet ja die Bilder nach dem Alphabet und somit kannst du die einzelnen Bilder schnell finden.