Ja du kannst mehrere Tilesets kombinieren. Hast zwar in der Database dann immer nur eine bestimmte Anzahl an Autotiles, aber das kann man durch mehrmals dasselbe Tileset in der Database etc. umgehen. Es kann nur ab einer recht hohen Tilesetlänge zu Performanceschwierigkeiten kommen, aber so übertreiebn muss man es dann auch nicht.
Das 3-Ebenen-System ist ganz simpel. du hast halt 3 Mapping-Ebenen + Eventebene. Dein problem verstehe ich da nicht...Vielleicht einen Screenshot posten? Man will ja keine Falschinformationen über den XP verbreitet wissen.