Das ist Interpretationssache. Es gibt an sich kein klares System für Nachnamen, weil das in Equestria offenbar nicht wie in unserer Welt nötig ist.
Ich habs in meiner Fanfic z.b. so gelöst, dass einige Ponies einen Nachnamen haben, und andere eben nicht unbedingt. So kannst du das auch machen. Du musst dir dann halt überlegen, ob du anhand der Regeln deiner Welt erklären willst, warum einige einen Nachnamen haben und andere nicht oder ob die Leser das schlicht so akzeptieren sollen.
Rarity habe ich also bei mir den vollen Namen Rarity Belle gegeben, ihre Schwester würde also mit Vornamen Sweetie heißen.
Fluttershy hätte z.b. für sich keinen Nachnamen, du kannst einen erfinden oder es lassen.
Auch die Apple-Familie hat keinen wirklichen Nachnamen. Weil in Big Macintosh ist auch kein "Apple".
Je nachdem, was du für eine Welt schreibst, machen Nachnamen in einer angepassten Form Sinn.
Mfg!