Ich denke, der Sprung wird dadurch verursacht, dass die Datei neugeladen wird.
In diversen Mediaplayern tritt er auf, in Audacity (bei Loopwiedergabe) aber zum Beispiel nicht.
Notfalls kannst du das ganze ja verlängern, indem du den Loop mehrfach in Audacity hintereinanderpappst, weil einminütige Musik ein und ausfaden macht keinen Spaß.