Das liegt daran, dass es keinen container respawn gibt, auf direkt zugemüllte NPC Inventare trifft das auch zu.
Wenn es nicht an einem zugemüllten, dem Händler zugewiesenen Container liegt:
Mit dem Enchanted Editor kannst du deinen save öffnen und in der NPCs altered/killed by player Liste den entsprechenden Händler löschen; damit löscht man nur die Änderungen, nicht den NPC selbst. Das würde ich aber nicht empfehlen für Händler, die in Quests involviert sind.
Eine weitere Möglichkeit wäre per Konsole:
Händler bei offener Konsole anklicken, sethealth to 0 [oder sethealth 0] und danach resurrect.
In jedem Fall empfehle ich vorher einen backup des saves.
EDIT: Optimaler wäre wohl, wenn man sich mit Wrye Mash einen remover bastelt. Es gibt da schon einen Beth Containers.etxt remover [Rechtsklick auf save in Wrye Mash], den man dazu mal editieren könnte [nur bestimmte Container removen, NPC-Händler to be removed einfügen].
EDIT2: Eine Mod gibt es dazu soweit ich sehe noch nicht. Wenn dann wäre es eine MWSE oder MWE Mod, falls dazu überhaupt script Funktionen existieren.