Wenn du sicher bist das in dem Ordner nichts anderes ist als die Dateien dieses Mods, kannst du auch den ganzen Ordner löschen. Aber halt nur wenn du es vorher verglichen hast.
Ich kenne die Mod nicht, aber ich denke sie erstezt lediglich schon vorhandene Meshes. Das bedeutet, dass diese dann nach dem Löschen wieder aus den BSA's genommen werden. Eventuelle Einträge in die ArchivInvalidated solltest du auch updaten.