Das ist nur eine Warnung, die ignoriert werden kann (Bedeutung: ein Plugin wurde mit einer anderen Version der Masterdatei erstellt, kommt sehr häufig vor, machte aber bisher noch keine Probleme).
Der Absturz dürfte von etwas anderem kommen. In deinem Morrowind Ordner, findest du da eine Datei namens Warnings.txt ? Kannst du den Inhalt mal hier posten? Außerdem wäre deine Modliste wichtig; die steht am Ende der Morrowind.ini.