Transparenz kommt in zwei Fällen zum Zuge: einmal bei Dingen, die ingame eben (stellenweise) transparent sind - spontan fallen mir da die Ayleiden-Gitter ein - und bei Texturen mit Parallax Mapping. Würdest du bei diesen beiden Transparanz 'ausknipsen', hättest du anstelle von transparenten Stellen bei zB. Ayleidengittern nur schwarze Flächen, bei Parallax-Texturen wäre der 3D-Parallax-Effekt außer Kraft gesetzt.
Ansonsten sollte es keine Probleme geben.