Das Verdoppeln kann mehrere Ursachen haben: Das PI selbst hat einen Fehler (kann gut sein, denn ich habe Meistertrainer-Fixes gesehen, die einfach einen 2.NPC daneben setzen; wahrscheinlich ungewollt, aber "unsauber"), oder du hast es einfach zugeschaltet ohne weitere Bereinigung des saves (per Wrye Mash)...

Hast du eigentlich die letzte MWI Version erwischt? Es ist die MWI2Alpha1.7 von hier:
http://tes.newraven.net/downloads/

Lass dich nicht vom Alpha abschrecken, es wurde daran noch einiges gegenüber der älteren Version verbessert.

Schlösser knacken ist nicht immer eine Straftat. Z.B. die Schlösser zur geheimen Bibliothek in Vivec können sogar mit zuguckenden Wachen geknackt werden. Es kommt darauf an, "wem die Tür gehört" und ob derjenige zufällig gerade daneben steht. Ich meine (ohne Gewähr), die Türen unten in der Geisterpforte haben überhaupt keinen "Besitzer".