erstmal:
Du arbeitest mit tranparenten png Dateien.
Der IE unterstützt sowas nicht.

Und wenn nur das Deisgn um 1,2 Pixel nach unten verschoben ist, solltest du dich freuen und dies so lassen.
Es ist allgemein bekannt, dass der IE bei CSS Mist baut.

Ansonsten versuch mal im Body
padding:0px;
margin:0px;
einzutragen. AFAIR benutze der IE einen Standardrahmen um die Webseite.