Der Patch ist so gesehen ein Möchtegern-Patch. Da wird nichts gepatched, sondern mit neuerer RM2k Versionen überschrieben. Einmal wird der Maker (also die rpg2000.exe) mit einer neueren und vorgepatchten ersetzt. Und zum anderen wird die RPG_RT.exe mit einer neueren Version ersetzt. Eine, die auch mit 50 Pics lauffähig ist (so wie die japanischen RM2k Versionen es mittlerweile ja auch können). Aus diesem Grund funzt dieser Patch ja auch nicht mit Inelukis Keypatch, weil die neuen RM2k Versionen ohne Harmony.dll laufen.

Um den "Patch" also loszuwerden muss du deine RPG_RT.exe löschen und die rpg2000.exe (die Maker Exe) dazu. Danach nur noch den normalen RM2k erneut installieren.
Wobei ich nicht glaube das der Patch wirklich zu Bugs führt, höchstens das er nicht richtig installiert wurde könnte die eine oder andere Inkompabilität mit sich bringen.