Meines Wissens bezieht sich der genannte SEO-Mythos darauf, dass Parameter in der Adresse (?a=b&c=d) sich negativ auswirken, weil dann klar ist, dass die Seite variablen Inhalt enthält.
*.php sagt zwar aus, dass auf dem Server was abläuft, ist aber noch nicht aufschlussreich genug um sagen zu können, der Inhalt sei variabel.