Die Geschichte ist die gleiche und läuft im Endeffekt auch auf das selbe Ziel hinaus, auch wenn einige der Rollen anders besetzt und Örtlichkeiten verteilt sind.
Ob jetzt Cherenkov oder Virgil mit auf die Reise gehen ist für die Handlung eher nebensächlich (wobei ich Virgil sowieso interessanter finde als Cherenkov) und beide Varianten lassen sich mit Episode 2 und 3 in Einklang bringen.
Ein Ersatz für Episode 1 ist der Anime natürlich nicht, aber durchaus eine nette Ergänzung.

Mein Einstieg in die Serie war der Anime. Ich hab mich beim Spiel auch sofort heimisch gefühlt und musste nur denken "ah, so haben die das also im Spiel umgesetzt".