So, das hier wäre eine rudimentäre plattformabhängige Lösung. Immerhin kann man in Java automatisiert bis zum Homeverzeichnis des Users kommen.

Code: 
String homedir = System.getProperty("user.home");
String osname = System.getProperty("os.name");
String pathsep = System.getProperty("path.separator");
String configpath;


// Achtung, inkompatibel mit Multiuser-9x.
// user.home evaluiert unter 9x meistens zu ?:\WINDOWS, nur nicht in Muliusersystemen, wo es zu ?:\WINDOWS\PROFILES\<Username> evaluiert.
if ("Windows 95" == osname || "Windows 98" == osname)
  configpath = methodPostedByDFYX().toString() + pathsep + "myapp.ini";
// Keine Ahnung, wie Vista heißt. "Windows Vista" klingt plausibel.
// Achtung, dieser Code muß für jede Locale angepaßt werden, weil Microsoft die Ordnernamen übersetzt!
if ("Windows NT" == osname || "Windows 2000" == osname || "Windows XP" == osname)
  configpath = homedir + pathsep + "Dokumente und Einstellungen" + pathsep + "myapp" + pathsep + "myapp.ini";
elseif ("Mac OS" == osname) // Wir ignorieren Mac OS 9 und früher.
  configpath = homedir + pathsep + "Library" + pathsep + "Preferences" + pathsep + "myapp.ini;"
else // Wir gehen davon aus, daß alle anderen OSe *nix sind
  configpath = homedir + pathsep + ".myapp" + pathsep + "myapp.ini";

Achtung, user.home hat unter Windows einen Bug.