AFAIK unterstützt Nero nur einen Kern. Nero finde ich auch nicht wirklich toll. (Ich mag keine kommerziellen Video Encoding Tools)
In welches Format codierst du die Videos?
Falls dies MPEG4 ist, dann nimm doch VirtualDubMod. Die neueste XviD Version von Koepi ist sogar Dual Core optimiert.
Einen MPEG1/2 encoder, der Dual Core unterstützt kenn ich leider nicht.
Auch der Freeware MPEG1/2 Encoder HC_Encoder unterstützt nur einen Kern.