Das könnte mit UL zu tun haben, ist aber eher unwahrscheinlich wenn es in Höhlen passiert, da UL an Interiors garnichts ändert. Von BoC mal abgesehen. Versuche es mal indem du das Harvest PI nach den UL-Mods lädst. Sollte das keine Verbesserung bringen, was ich schwer vermute, liegt es sehr wahrscheinlich an diesen zwei Dingen:

Zu alte Version des Harvest PI

Ich weiß das das Harvest PI mit einem anderen ähnlich gelagerten PI zusammen getan wurde. Keine Ahnung ob du schon diese Version hast, aber überprüfe das bitte nochmal. Es gab bei der Originalversion auch einige bekannte Probleme. Suche am besten mal auf TESNexus danach.

Abomb

Das ist ein Animationsbug der dazu führt das sich Animationen extrem verlangsamen, tritt ab ca. 250 Spielstunden auf. Ich habe in Verbindung mit dem Harvest PI schon davon gelesen. Es liegt aber nicht am Harvest PI selbst, sondern stand unter dem Punkt "Bekannte Bugs" und wird wohl gern auf das PI geschoben.
Die Abomb fixt du mit einem entsprechenden PI oder am allerbesten mit Wrye Bash.