Hab mal ein wenig herumprobiert und so sollte es gehen, aber da ich nicht genau weiß, ob die Transparenz noch woanders geregelt wird, ist das ohne Gewähr:

In Sprite_Battler Zeile 65-73:
Code: 
    # If actor which should be displayed
    if @battler.is_a?(Game_Actor) and @battler_visible      
      self.opacity = 255
      #Bring opacity level down a bit when not in main phase
      #if $game_temp.battle_main_phase
      #self.opacity += 3 if self.opacity < 255
      #else
      #self.opacity -= 3 if self.opacity > 207
      #end
    end