Naja, VirtualDubMod kann leider nicht ins MPEG Encoden.

Wenns nur ums Wegschneiden von ein paar Sekunden ist, würde ich das Ganze sogar mit AVISynth machen und das Script in HC_Encoder laden.

AVISynth ist ne Scriptsprache für Videobearbeitung, dort kannst du u.U. noch Interlacing entfernen, falls die Videos interlaced sind oder noch die Farben auffrischen oder was auch immer ^^
Und dann das Script mit HC_Encoder encoden.
HC_Encoder ist ein kostenloser MPEG1/2 Encoder, der allerdings nur AVISynth Scripte lesen kann.