Da ist doch nur eine Festplatte drinnen.
Diese Festplatte hat einmal eine primäre Partition (Boot)
Der restliche Speicher ist eine erweiterte Partition.
Diese Erweiterte Partition ist nochmal in 2 Partitionen unterteilt.

Wenn du nur die Systempartition (boot) formatierst, löschst du nur die Dateien dieser Partition. Die anderen ignoriert er