AVISynth + VirtualDubMod oder MeGUI

Was besseres gibt es (fast) gar nicht. Zumal ist alles OpenSource.
Nero Recode kannst du dagegen in die Tonne treten.

AVISynth ist ne Scriptsprache für Videobearbeitung.
Damit kannst du z.B. Artefakte filtern, Video vergrößern/verkleinern, Farben Auffrischen, Videos zurechtschneiden usw.
VirtualDubMod und MeGUI sind Encoder Tools.
MeGUI unterstützt auch nur AVISynth Scripte.

Wenn du was in MPEG/MPEG2 codieren willst, dann gibt es HC_Encoder.
Das ist ein kostenloser MPEG/MPEG2 Encodierer, der allerdings nur AVISynth Scripte unterstützt.