Truecrypt ist dafür geeignet. Deine Partition kannst du damit folgendermaßen verschlüsseln:
Du installierst es, wählst "Create Volume" und dann unter "Volume Location" per "Select Device" die Partition bzw. das Laufwerk das du verschlüsseln willst. Anschließend legst du noch Passwort, Verschlüsselungsalgorithmus etc. fest. Das Laufwerk wird bei der Verschlüsselung allerdings (AFAIK) formatiert, also solltest du eine Kopie der darauf enthaltenen Daten anlegen und nach der Verschlüsselung zurückspielen. Wenn die Verschlüsselung abgeschlossen ist, kannst du das Laufwerk im Hauptfenster per "Select Device" auswählen. Dann klickst du auf "Mount" und gibst dein Passwort ein. Wenn du es das Laufwerk wieder verstecken willst, klick einfach auf "Dismount".