Wenn es wirklich die Sache mit den Dateifragmenten ist, würde ich defragmentieren empfehlen.

Ansonsten ist der Paragon Partition Manager bzw. Paragon Festplattenmanager ein recht gutes Tool. Keine Ahnung, ob das mit Windows Vista läuft, aber damit hab ich in der Vergangenheit immer sehr gute Ergebnisse bekommen.