Ich hoffe du meinst chkdsk statt scandisk... Das Ding würde auf NTFS-Laufwerken wohl ein wenig Ärger bringen^^.

Du könntest mit der Ubuntu-CD (egal ob Live oder Alternate) beim Installieren ansich so oder so eine Partition nachträglich verkleinern, evtl. wäre das was Wert. Ich hatte damals (mit Ubuntu 6.10) keine Probleme, meiner Vista-Partition knapp 10 GB abzuzwacken und für Ubuntu freizuschaufeln. Vista wollte dann zwar nach der Ubuntu-Installation einen chkdsk machen (was ich auch genehmigt hatte), aber sonst hatte ich damit keinerlei Probleme.
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Mehr Platz = noch weniger? *wunder* rechnen die nach Prozenten?
Ich schätze mal, das Ding prüft einfach, wo das letzte Dateifragment liegt, und macht davon die maximal mögliche "Abzwackung" abhängig...

EDIT: Ich habe den Paragon Partitionsmanager 2006, der sich auf einer Chip-CD mal befand, zuhaus irgendwo rumfliegen... Weiß aber ehrlich gesagt nicht, ob das Ding unter Vista läuft... Wenn du willst, kann ich dir das Ding mal per PN schicken...