Blöde Frage:
Hast Du beim zweiten Öffnen des PIs dieses als Active File markiert, bevor Du es bearbeitet und erneut gespeichert hast?
Kam beim Speichern eine Abfrage bezüglich eines Namens?

Und noch eine Anmerkung, falls Du das veränderte VileLair veröffentlichen willst: Als esp-Datei wäre das illegal. Du müsstest eine exe erstellen, welche die Änderungen in der bereits bestehenden DLCVileLair.esp des Spielers vornimmt.
Siehe auch hier.