MP3s sind zumindest mal nicht gefährlich. Du solltest halt nur keine kommerziellen MP3s benutzen.
Beim 2000er mit MP3-Patch gibt es jedoch schonmal einen Nachteil gegenüber den Midis:
Es besteht immer eine kleine Stille bevor das Lied wiederholt wird.
Weiterhin sind MP3s um ein x-tausendfaches größer als MIDIs.
Weiterhin kommt es auch auf die Soundkarte an, wie gut oder schlecht sich Midis anhören können (bei mir hören sich Midis z.b. großartig an ).

Weiterhin bieten Midis im Gegensatz zu MP3s die Möglichkeit, dass man sie ab einer bestimmten Stelle im Maker wiederholen lassen kann, was mit MP3s nicht geht. Die werden von Anfang bis Ende gespielt und fangen wieder beim Anfang an.

Zu guter Letzt sei einfach gesagt, dass es deine Entscheidung ist, ob du MP3s oder MIDIs benutzen willst.