Der Maptree steht in der RPG_RT.lmt, die Mapdaten in den .lmu Dateien und die Database in der .ldb Datei.
Der Maker speichert die Maps nicht direkt im Projektordner, sondern in einem temporärem Verzeichniss das in deinem Windows Temp Ordner angelegt wird und sich RPG_TEMP schimpft. Wenn du den Maker öffnest guck mal ob dieser temporäre Ordner existiert. Wenn nicht, dann versucht mal den zu erstellen und dann die Maps zu verändern.