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Wenn ich ausschliesslich Gegenstände in die levelled list aufnehme, die ich neu erstellt habe, kommt es dann beim verwenden des Plugins trotztdem zu Konflikten mit anderen Mods, die auch Levelled Lists editieren oder verändert das etwas an den bereits im Haupt-Spiel vorhandenen levelled lists?
Ja, es kommt zu Konflikten wenn ein anderes Plugin dieselben Levelled Lists ändert, aber dafür gibt es Wrye Bash, damit kann man Levelled lists Mergen.

In deinem Fall solltest du also schauen auf welche LL die Container zugreifen und dann halt dementsprechend bei diesen deine Gegenstäde hinzufügen, und falls das Pi veröffentlichst, groß und breit in die Readme reinschreiben welche Listen verändert wurden , sowie vll ein Hinweis auf Wrye Bash