Wenn Du einfach einen bestehenden NPC duplizierst, hat er die AI Packages und ggf. auch das Script seines "Klon-Vaters".
Ich nehme mal an, dass Du einen Klingensoldaten dupliziert hast, der u.a. über das Package CloudRulerBladesWanderGreatHallPreMQ05 verfügt, welches sich z.B. auf das Herumlaufen in der großen Halle des Wolkenherrschertempels bezieht.
Bei neuen NPCs, die andere Aktionen an anderen Stellen ausführen sollen, musst Du neue Packages zuweisen. Button AI ---> AI Package List.
Bereits vorhandene Packages findest Du unter Character ---> Packages. Dort kannst Du auch neue, eigene erstellen. Mittels "Conditions" können Packages auch mit Quests / Quest Stages verknüpft werden.

Weiterhin zu beachten: Dialoge. Viele NPCs haben nicht nur allgemeine, sondern auch spezielle Dialoge zugeordnet bekommen. Viele Klingenwachen z.B. das "Martin Topic" bezüglich der Hauptquest. Wenn Du das bei dem duplizierten NPC mit drin lässt, plaudert der NPC ggf. fröhlich mit Dir über Mainquest-Topics.
D.h. unbedingt neue Dialoge einfügen und natürlich Sprachdateien und Lippen-Files zuweisen (Sprachdateien müssen dazu zuvor mit einem bsa-Entpacker entpackt werden).
Oder zumindest Quest-spezifische löschen.

Und... Scripts. Viele NPCs haben Scripts, z.B. der Klingensoldat Blade1 das Blade1Script.
Viele Arten von Wachen haben Scripts. Sie sollen ja nicht nur wie die Ölgötzen rumstehen oder 08/15-Tätigkeiten ausüben, sondern manchmal spezielle Dinge tun.

Unterm Strich:
Dupliziere nicht einfach NPCs, sonder erstelle sie neu. Mit neuen Dialogen, AI Packages (bzw. neu zugeordneten) und neuen Scripts.
Das Thema NPCs gehört beim Modden wohl mit zu den schwierigsten Themen. Man kommt an Packages, Dialogen, Vertonung und Scripts und ggf. sogar dem Questen nicht vorbei.
Wenn Du einfach einen duplizierten NPC überlastet in die Landschaft stellst, wird er imho zu einem "Gegenstand" (der aber durchaus noch über Themen plaudern kann, über die er nicht plaudern soll ).