Also, alles chronologisch gesehen lief's afair so ab:
James und Patrick Hayworth (der Besitzer des Klosters) waren beide in eine Frau namens Elaine verliebt (keine Ahnung, ob du die schon gesehen hast). James zog sich zurück und wurde Priester, Patrick heiratete sie. Allerdings wurde sie, als sie einmal alleine zuhause war, ermordet, und sowohl Patrick, als auch das Haushälterpärchen waren richtig dreckig am Boden zerstört. Sie erfuhren irgendwie vom Emigre Manuskript, bekamen es durch Patricks Verbindungen zur Kirche in die Hände und beschlossen, zu versuchen, Elaine wieder zum Leben zu erwecken.
Patrick kauft also das Kloster und da im Manuskript steht, dass man viele Seelen dafür braucht, fängt er an, zusammen mit dem Haushälter massenhaft Nutten und ähnliches abzuschlachten. Sie werden immer gestörter, die Leichen türmen sich nur noch, aber sie denken trotzdem nicht daran, aufzuhören. Schließlich "klappt" es echt, aber sie kehrt ohne Seele ins Leben zurück und bringt (afaik

) Patrick um. Die Haushälter bleiben im Kloster und bringen alle Diebe u.ä. um, die sich ihm nähern (warum weiß ich nicht mehr <__<).
James wurde vom Vatikan geschickt, das Manuskript wieder zu beschaffen, Koudelka wurde von komischen Stimmen, die sie im Kopf hört, dorthin gelotst und ist schon seit Geburt übernatürlich begabt.
Koudelka fällt dann im Lauf des Spiels dem Haushälter in die Hände und wird an einen Tisch gefesselt, aber gerade, als er sie mit einer Axt töten will, kommt seine Frau von hinten und erschießt ihn. Sagt "Wir müssen endlich aufhören!" und noch ein bisschen anderes Zeugs und erschießt sich dann selbst.
Dann kommen sie in die innere Kathedrale und treffen dort das Elaine-Monster. Da gibt's dann zwei Enden, je nachdem, ob man sie besiegt ("gut") oder nicht ("schlecht").
Gutes Ende: Sie ist tot, aus. (

)
Schlechtes Ende, das aber für SH als das "wahre" angenommen wird: Das Team ist geschlagen, liegt schnaufend am Rand vom Turm. James greift sein Kreuz, betet daher, dass er gläubig sein Schicksal annimmt und fügt hinzu, dass er Elaine immer geliebt hat. Ein Lichtkegel kommt aus dem Himmel, Elaine wird "geheilt" und James schwebt mit ihr zusammen davon. Das Kloster fällt in sich zusammen, Koudelka und James hupfen vom Turm runter und schlafen noch schnell miteinander, dann hauen sie auch ab - getrennt.