Nein mach bitte 2 Partitionen.
Weil dann formatierst du nur die Programmfestplatte und bespielst sie neu. Die Datenfestplatte könntest du so lassen, aber wenn du auch die formatieren willst schaufelst du dann die Dateien auf die andere bereits formatierte usw.

Ich hab mir nach 2 Jahren kräftig in den Arsch gebissen, weil ich nur eine Partition hatte (oder eben die vorinstallierten Einstellungen nach dem Kauf belassen habe). Zum Glück hab ich einen sehr guten Freund mit zwei Wechselfestplatten, der mir dann eine borgen konnte.

Mit Windowsupdates ist es so:
Es ist auf Dauer einfach ungesund. Deshalb sollte man auch die automatischen Updates ausstellen. Eigentlich ist Windows rechte anfällig für eigene Updates.
Hoffentlich ändert sich das bei Vista =/