Ausrufezeichen bedeuten, dass da Meshes/Texturen fehlen. In der Regel genügt es, die Dateien im Meshes- und im Textures-Ordner des PIs manuell in den entsprechenden Ordner im Data Files - Verzeichnis Deiner Spielinstallation zu kopieren.
Dass die Dinger auch zu sehen sind, wenn alle PIs deaktiviert sind, ist aber kein gutes Zeichen. Das bedeutet eventuell, dass da Dateien fehlen, die das Originalspiel und kein PI betreffen.
In dem Fall würde ich wohl eine Neuinstallation von MW empfehlen.

Hm, hast Du mal versucht, einen Spielstand, den Du vor der Installation des PIs angelegt hast, nach der Deaktivierung der PIs zu laden? Kommen da auch die Fehler?

Da der Fehler wahrscheinlich durch ein PI verursacht wurde, verschiebe ich den Thread mal in unser PI-Forum.
Vielleicht hat da ein User ja ähnliche Erfahrungen mit der Balmora Expansion gemacht oder hat eine bessere Lösungsmöglichkeit des Problems parat.