Wenn eine Datei per Script hochgeladen wird, gehoert sie dem User, der den Webserver ausfuehrt (fuer gewoehnlich apache). Wenn man sich ueber FTP einloggt, ist man aber meistens ein anderer User -> man hat andere Zugriffsrechte fuer die Datei.
Du koenntest z.B. versuchen, die Rechte oder den Datei-owner via Script zu aendern.