Soweit ich mich erinnere, gab es einen Kampf der Gruppe, in der der junge Kakashi unterwegs war, und ja, er verlor bei dem Kampf ein Auge. Und wie schon gesagt wurde, da Obito ... naja, Schuldgefühle hatte, dass er kein Geschenk für Kakashi hatte (Wars wirklich der Geburtstag? War es nicht die Ernennung Kakashis zum Chûnin?... ich weiss es grad echt nicht) ... jedenfalls kam es bei dem Kampf dazu, dass Obito verschüttet wurde, und eben nur mehr sein Kopf herausragte. Und als Geschenk gab er ihm dann ein Sharingan-Auge, so quasi als letzte Geste. 
