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In beiden Fällen ist der finale Boss [...]
Zu Xenogears:
Deus war kein Gott, sondern lediglich eine technisch-biologische interstellare Waffe. Wenn man davon ausgeht, dass Deus in etwa 5.000 Jahren gebaut wird ist es nicht verunderlich, dass der Aufbau eines menschlichen Wesens keine Schwirigkeit darstellt. Man denke auch an die Zeboim, welche sich insgesamt auf unserem heutigen Status befand und dazu ebenfalls in der Lage war.

Ich hab leider wenige Kenntnisse über die genaue Zusammensetzung vom Deus System, aber letzendlich war es nicht wirklich ein Gott.

Was hier ein interessantes, aber bereits oft besprochenes Thema ist, wären die symbolischen Endgegner.
In Xenogears war ja auch Ouroburus der Endgegner, welcher symbolisch für die sich immer wiederholende Geschichte stand (nebenbei auch eines von Nietzsches Themen).
Hm, wenn man genau nachdenkt haben alle Square Spiele dieser Zeit ein relativ verkapptes Ende. IX ist da garnicht so weit weg.