Code:
try
{
  Process child = Runtime.getRuntime().exec("ls -la .");
}
catch (IOException e)
{
  System.err.println(e.toString()); // bla
}
Für Zugriff auf Rückabewerte etc. sieh' dir die API-Doku zum Thema Process an.
Falls du mehr Kontrolle über den Prozeß brauchst sieh' dir mal die ProcessBuilder-Klasse an.