Das geänderte handling (Stichwort: FormIDs) zwischen Mods hat Vorteile (weniger Konflikte), aber wohl auch z.T. gewaltige Nachteile: totale Abschottung von Mods untereinander, schwieriges bis unmögliches Aufbauen von einer Mod auf einer anderen Mod...

Ich glaube, hier steht die momentan gängige Methode mit Hilfe von TES4 Plugin Utility:
http://www.uesp.net/wiki/Tes4Mod:Mod_Merging